處理收到的工程款小于給對方開票的金額的情況，通常有以下幾種方案：

1、通知乙方重新足額支付貨款，如果乙方拒絕支付的，甲方可以通過法律途徑對其實施強制執(zhí)行；

2、甲方可以發(fā)起信用訴訟，要求乙方履行票據(jù)支付義務(wù)，甲方可以明確要求乙方支付票據(jù)簽訂時所約定的貨款；

3、甲方可以通過與乙方進行協(xié)商、調(diào)解的方式解決糾紛，雙方協(xié)商一致后簽訂書面協(xié)議，由雙方共同承擔(dān)法律后果；

4、甲方可以暫不向乙方支付票據(jù)，等待乙方支付完畢，在支付完畢后再向乙方進行支付。

以上是處理收到的工程款小于給對方開票的金額的幾種方案，應(yīng)該根據(jù)現(xiàn)實情況，選擇最適合的方案。

另外，在進行貨款支付時，為了預(yù)防收到款小于給對方開票的金額的情況發(fā)生，訂貨雙方最好在貨款支付前，簽訂書面協(xié)議，明確雙方的貨款支付義務(wù)和期限，雙方都有義務(wù)按照協(xié)議的約定履行貨款支付義務(wù)，以保障雙方權(quán)益。