員工自有車輛補貼開的費用專票可以抵扣，但是需要滿足一定的條件才能夠抵扣。

一是企業(yè)支付給員工的補貼必須符合稅務管理規(guī)定，補貼支付的目的、形式和金額必須在企業(yè)內部文件中予以明確，不能違反相關稅務管理規(guī)定。

二是補貼支付必須經過正常程序審批，企業(yè)要建立嚴格的報銷流程，嚴格控制和支付收入和支出。

三是補貼支付一定要有收據憑證，有效的收據憑證可以證明支付的補貼是合法合規(guī)的，是可以抵扣的。

四是補貼支付必須有明確的扣稅規(guī)定，該補貼支付的收入必須要繳納稅款，只有繳納稅款后才能正常抵扣。

五是補貼支付必須做好財務核算，企業(yè)要建立完善的財務核算體系，定期進行報銷審批、登記和核算，對補貼支付有準確的記賬，以便于依據有效的財務記錄，實現(xiàn)有效的抵扣。

總之，為了抵扣員工自有車輛補貼開的費用專票，企業(yè)不僅要符合稅務管理規(guī)定，同時也要建立嚴格的報銷流程、持有有效的收據憑證、按稅收規(guī)定繳稅以及做好財務核算。

拓展知識：補貼抵扣不僅僅受到稅務管理規(guī)定的限制，還要遵守相關的勞動法規(guī)，例如《上海市勞動合同條例》和《上海市企業(yè)性費用支出審批管理辦法》等，還要符合企業(yè)的內部規(guī)章制度，例如報銷規(guī)范、待遇審批標準等。