分公司注銷和清理總公司的往來的步驟是：

1、股東會召開，確定分公司注銷的決定。

2、清理分公司的全部資產(chǎn)。首先，核對分公司的資產(chǎn)，包括財產(chǎn)、債務(wù)、購買和出售款項(xiàng)、物品等，然后核查和登記全部資產(chǎn)。

3、全面收回總公司的資產(chǎn)，包括原材料、完工產(chǎn)品、備件及其他資產(chǎn)。

4、終止分公司與總公司的合同。確定和總公司簽署的合同項(xiàng)下的義務(wù)和權(quán)利，并將相關(guān)的金額結(jié)算完畢；清理未簽署的合同，并將未來雙方權(quán)利義務(wù)一并終止。

5、結(jié)清分公司的財務(wù)業(yè)務(wù)。核對分公司的賬務(wù)，結(jié)清和總公司的財務(wù)帳務(wù)；關(guān)閉營業(yè)稅種號，報章注銷，停止開具發(fā)票，并向稅務(wù)機(jī)關(guān)申辦結(jié)算報告等業(yè)務(wù)。

6、營業(yè)執(zhí)照的注銷。向注冊部門提出注銷申請，將所有相關(guān)資料一并提交，等待注銷章程和章程的備案。

拓展知識：

以上是清理分公司與總公司往來的正規(guī)流程，但是清理分公司與總公司往來無疑是一項(xiàng)繁瑣的工作，容易出現(xiàn)很多漏洞，例如，有可能會有一些合同還未完全清理，也有可能會有一些資產(chǎn)未結(jié)消，等等。對于這些情況，應(yīng)該設(shè)立一個專門的清理小組，對清理工作進(jìn)行嚴(yán)格的審查，以確保清理工作的質(zhì)量，并盡快完成清理工作。