1、首先，個人獨資企業(yè)的核定征收工資薪金應當依據(jù)《個人獨資企業(yè)及其關聯(lián)單位工資薪金稅收征收管理細則》，進行辦理。根據(jù)該細則，個人獨資企業(yè)及其關聯(lián)單位的工資薪金應當按照個人所得稅征收規(guī)定，在發(fā)放工資薪金時，按月計算納稅人當月的應稅額，并應當分別在由個人獨資企業(yè)支出的各月工資薪金用工資薪金支付稅款、由個人支出的各月工資薪金中支付稅款的順序中，先支付稅款。

2、其次，個人獨資企業(yè)核定征收工資薪金時，應當根據(jù)《個人獨資企業(yè)及其關聯(lián)單位工資薪金稅收征收管理細則》，依法辦理個稅申報手續(xù)、繳納個人所得稅等事宜。根據(jù)該細則，個人獨資企業(yè)應當在每月15日報送上月末工資薪金等薪酬的繳納內容及實際繳納情況，個稅申報應在每月20日前報送，并按要求繳納應納稅額。

3、最后，在核定征收工資薪金時，還需要遵循國家規(guī)定，制定有效的內部管理制度，并建立相應的財務管理、內控機制，每月定期結算實際費用，以保證合規(guī)性。

拓展知識：在辦理個稅申報、繳納個人所得稅等事宜時，個人獨資企業(yè)還要遵循《中國稅收籌劃和匯算清繳暫行條例》，按照規(guī)定進行稅收籌劃和匯算清繳。同時，個人獨資企業(yè)要建立完善的合規(guī)監(jiān)督體系，遵守納稅義務，不得采取避稅行為，確保企業(yè)的可持續(xù)經營及納稅義務的履行。