行政事業(yè)單位往來資金控制主要有以下幾種方法：

1.完善相關(guān)規(guī)章制度。對于行政事業(yè)單位的資金收支情況，應(yīng)當(dāng)完善相關(guān)規(guī)章制度，嚴格落實審批手續(xù)，規(guī)范資金管理，實行“兩權(quán)分離”的財務(wù)管理制度，確保行政事業(yè)單位的資金往來符合法律法規(guī)。

2.強化對資金流動的監(jiān)督管理?？梢圆扇∪娴馁~務(wù)及業(yè)務(wù)審核，提高審計效率，細化審計分工，嚴格審計程序，提高支出審核要求，限制預(yù)算外支出行為的發(fā)生，實行聯(lián)合審計，深入挖掘行政事業(yè)單位的往來資金問題，加大對往來資金合規(guī)程序的監(jiān)督控制。

3.建立健全財務(wù)預(yù)算管理制度。行政事業(yè)單位應(yīng)當(dāng)建立健全財務(wù)預(yù)算管理制度，設(shè)立財務(wù)預(yù)算審批委員會及業(yè)務(wù)審批工作組，建立預(yù)算執(zhí)行審核機制、收支核算機制、資金使用監(jiān)管機制，有效控制行政事業(yè)單位的資金流動，確保其財務(wù)預(yù)算的合理性和實施的有效性。

4.精細化的收支控制。應(yīng)當(dāng)精細化的收支控制，開展檢查查賬，實施支出細分控制，加強資金的流向與使用的高度統(tǒng)計。

拓展知識：此外，還可以加強預(yù)算執(zhí)行的監(jiān)督管理，加強對支出合同的管理，強化數(shù)據(jù)開放與審計監(jiān)督，加強對行政事業(yè)單位的審計工作，以保證行政事業(yè)單位的資金往來按照相關(guān)法律法規(guī)執(zhí)行，確保財經(jīng)安全。