自然人獨資公司股權轉讓，是指由自然人作為公司獨資人，將其所擁有的股份劃轉給他人，將其獨資公司股權登記在該他人名下的過程。自然人獨資公司股權轉讓的操作過程主要分為以下幾步：

一、雙方達成股權轉讓意向

1.雙方簽訂書面股權轉讓意向書，書面意向書中應包括雙方意向股權轉讓的條件，如受讓方支付的購買股份的價款、股權比例以及轉讓時間等。

2.完善雙方股權轉讓交易的相關文件，如表明股東具體身份、協議書中權責條款的明確等。

二、向主管機關進行股權轉讓登記

1.完成股權轉讓的相關手續(xù)，準備相關材料，如營業(yè)執(zhí)照、法人身份證、股權轉讓書等。

2.按照營業(yè)執(zhí)照上的注冊地，向主管注冊機關提出股權轉讓登記申請，并向有關部門提供相關材料。

3.主管機關審核通過后，根據受讓方所持有的股份比例，對轉讓前后的股東信息進行更新及辦理股權變更登記。

三、準備納稅憑證并納稅

1.確定稅收類型，如應納稅收為營業(yè)稅、企業(yè)所得稅等；

2.根據兩方雙方條款以及稅收類型準備繳稅憑證，準備兩方應繳納的稅款數額；

3.向主管稅務機關申請股權轉讓收入清繳憑證，繳納申報的稅款。

以上就是自然人獨資公司股權轉讓的操作過程，在進行股權轉讓的時候，務必確保雙方都有明確的認可，做好準備工作，避免造成不必要的損失。

拓展知識：在自然人獨資公司股權轉讓的過程中，受讓方可以選擇公司的付款方式，可以是現金支付、股權交換、債權轉讓或其他方式。除此之外，為了確保股權轉讓的合法性，雙方還可以在轉讓協議中約定一些平等、公正且有效的條款，包括轉讓雙方的權利和義務、轉讓適用的法律、受讓方購買股份的付款方式、轉讓的有效期等內容。