農(nóng)民工工資保證金應計入應付職工薪酬科目。

應付職工薪酬科目是指以支付職工報酬為目的，而在應付賬款項下記載的賬項，包括工資、獎金、補貼、房租補貼、小費以及一次性或非定期的報酬，是企業(yè)在聘用勞動者完成工作活動時履行的必要義務，因此，應付職工薪酬科目下記載的賬款都是經(jīng)企業(yè)與職工約定而發(fā)生的。

農(nóng)民工工資保證金是指用于保障農(nóng)民工工資支付安全的擔保措施，它是在農(nóng)民工接受雇傭前就預先由企業(yè)存入保證金賬戶等保證金池的款項。用于確保企業(yè)按時支付農(nóng)民工的工資，避免由于企業(yè)因未能及時支付農(nóng)民工工資而導致農(nóng)民工工資拖欠等問題的出現(xiàn)，以保護農(nóng)民工的合法權(quán)益。

因此，農(nóng)民工工資保證金應計入在應付職工薪酬科目，是企業(yè)作出的預付和賠付職工薪酬的擔保費用，經(jīng)財務部門的驗收和實際支付后，企業(yè)應在應付職工薪酬科目上做準確的賬務處理，以確保工資得到及時足額發(fā)放。

拓展知識：

保證金作為企業(yè)的資金流動活動所必須的一部分在財務管理中發(fā)揮著重要作用，它不僅是財務管理的一種保障措施，而且也可以作為企業(yè)誠信信用加強的有效工具之一。保證金的管理是企業(yè)財務管理的重要內(nèi)容，它能夠有效的預防和解決企業(yè)面臨的資金風險。因此，企業(yè)財務部門要加強對保證金的管理，加強對保證金的管理審計，定期審核保證金，避免發(fā)生外支和浪費的現(xiàn)象。