財(cái)務(wù)會計(jì)將“利潤”作為一個(gè)會計(jì)要素，而非盈利組織會計(jì)并未將“結(jié)余”作為會計(jì)要素，但在會計(jì)核算中又規(guī)定設(shè)置了“結(jié)余分配”“事業(yè)結(jié)余”和“經(jīng)營結(jié)余”科目，在收入支出表中也列出了“結(jié)余”和“結(jié)余分配”項(xiàng)目。從會計(jì)要素角度看，“結(jié)余”與“利潤”并沒有實(shí)質(zhì)性區(qū)別，因而在1998年預(yù)算會計(jì)制度改革時(shí)，是否設(shè)“結(jié)余”要素就有很大爭議。目前，預(yù)算會計(jì)理論界已普遍贊同把原來的五個(gè)要素改為六個(gè)要素(即增加“結(jié)余”要素)的設(shè)想。

政府及非盈利組織的資產(chǎn)負(fù)債表和收入支出表，與會計(jì)的資產(chǎn)負(fù)債表和損益表的性質(zhì)相同，但非盈利組織的資產(chǎn)負(fù)債表卻采用了類似于“科目匯總表”的結(jié)構(gòu)形式，將所有科目按照“資產(chǎn)部類”和“負(fù)債部類”左右順序排列，編制時(shí)只要把報(bào)告日的各科目余額直接填入即可。另外，非盈利組織由于采用修正的權(quán)責(zé)發(fā)生制(一般情況下采用收付實(shí)現(xiàn)制，實(shí)行內(nèi)部成本核算的可采用權(quán)責(zé)發(fā)生制)，因而只有通過編制現(xiàn)金流量表才能反映其資金的收支結(jié)存情況，但現(xiàn)行非盈利組織會計(jì)準(zhǔn)則沒有編制現(xiàn)金流量表的規(guī)定。

根據(jù)政府機(jī)構(gòu)改革的方案，除少數(shù)公益性非盈利組織仍由政府財(cái)政供給以外，絕大部分非盈利組織將逐漸取消財(cái)政撥款，以市場為導(dǎo)向，實(shí)行真正的自負(fù)盈虧。按照這種思路，非盈利組織實(shí)行自負(fù)盈虧后，有些業(yè)務(wù)性質(zhì)與財(cái)務(wù)會計(jì)相同，其會計(jì)政策與會計(jì)核算要求與財(cái)務(wù)會計(jì)不會有大的差別。但現(xiàn)行制度規(guī)定非盈利組織會計(jì)采用的計(jì)量方法卻不同于財(cái)務(wù)會計(jì)，如非盈利組織的固定資產(chǎn)不提折舊，不反映凈值，不計(jì)提壞賬準(zhǔn)備和存貨跌價(jià)準(zhǔn)備等等。

非盈利組織會計(jì)準(zhǔn)則雖然規(guī)定會計(jì)核算一般采用收付實(shí)現(xiàn)制度，但在非盈利組織會計(jì)制度中仍然設(shè)置了與企業(yè)財(cái)務(wù)會計(jì)基本相同的應(yīng)收。應(yīng)付科目，對一些應(yīng)收未收和應(yīng)付未付的收支項(xiàng)目采用權(quán)責(zé)發(fā)生制進(jìn)行確認(rèn)?？梢?，在非盈利組織會計(jì)實(shí)務(wù)中，大多數(shù)情況下實(shí)際采用的是權(quán)責(zé)發(fā)生制。另外，在非盈利組織會計(jì)準(zhǔn)則和會計(jì)制度中沒有明確規(guī)定的事項(xiàng)，如盤盈盤虧財(cái)產(chǎn)物資的處理程序、內(nèi)部成本核算方法等都企業(yè)會計(jì)進(jìn)行處理。