一般情況下，母子公司是指公司在擁有公司股權(quán)的同時(shí)它還持有另一個(gè)獨(dú)立公司（子公司）的股權(quán)，成為母公司，母子公司之間可以有資源共享，也可以實(shí)施專業(yè)管理。因此，員工是否可以在母子公司分別發(fā)放工資，要看該具體情況而定。

如果母子公司是作為一個(gè)整體運(yùn)作的，它們不同的部門都有共同的人力資源管理政策和操作流程，那么母子公司很有可能會(huì)實(shí)行同一個(gè)支付系統(tǒng)，也就是說，員工可以在母子公司一起發(fā)放工資。

但是，如果母子公司彼此獨(dú)立，每個(gè)公司都有自己的人力資源管理政策和操作流程，那么母子公司可能就不會(huì)實(shí)行同一個(gè)支付系統(tǒng)，大部分公司都會(huì)采取分別發(fā)放工資的做法，即母子公司可以分別發(fā)放工資。

總的來說，員工是否可以在母子公司分別發(fā)放工資，要看母子公司兩者的具體情況而定。如果母子公司是一個(gè)整體運(yùn)作，擁有共同的人力資源管理政策和操作流程，那么它們最有可能實(shí)行同一個(gè)支付系統(tǒng)。反之，如果母子公司彼此獨(dú)立，每個(gè)公司都有自己的人力資源管理政策和操作流程，那么母子公司最有可能是分別發(fā)放工資。

另外，對于母子公司而言，可以在母子公司之間進(jìn)行資源共享，及時(shí)響應(yīng)市場變化，從而提高效率和整體業(yè)績。母子公司也可以發(fā)放集團(tuán)分紅，使母子公司之間的財(cái)富共享。綜上所述，母子公司是有很多好處的，在充分利用母子公司的優(yōu)勢的前提下，只要結(jié)合特定情況，合理地運(yùn)用母子公司結(jié)構(gòu)，企業(yè)可以取得更大的成功。

拓展知識(shí)：母子公司的實(shí)質(zhì)就是相關(guān)方投資關(guān)系，兩家企業(yè)彼此之間有一個(gè)穩(wěn)定的投資關(guān)系，投資方有權(quán)控制被投資方的經(jīng)營決策，這就形成了母子公司的雙向控制結(jié)構(gòu)。在我國，母子公司通過投資方財(cái)務(wù)關(guān)系控制子公司的經(jīng)營，但兩家公司仍然是保持獨(dú)立性的，有自己獨(dú)立的公司名稱、編號(hào)、組織機(jī)構(gòu)和財(cái)務(wù)報(bào)表。