A公司如果愿意幫助B公司收款，并與甲方簽訂主體變更補充協(xié)議，這種做法在法律上是可以操作的，但確實存在一些潛在的風險和需要注意的事項。

首先，關(guān)于風險：

法律風險：主體變更需要遵循相關(guān)法律法規(guī)，并確保所有變更手續(xù)合法合規(guī)。否則，A公司可能會面臨法律糾紛和違約責任。
財務(wù)風險：如果B公司存在財務(wù)問題或債務(wù)糾紛，A公司可能會承擔連帶責任。
聲譽風險：如果B公司的項目存在問題或糾紛，A公司的聲譽可能會受到牽連。

接下來，需要注意的事項：

確保協(xié)議合法合規(guī)：A公司應(yīng)與B公司和甲方充分溝通，并確保主體變更補充協(xié)議符合相關(guān)法律法規(guī)和合同條款。
審查B公司的財務(wù)狀況：A公司應(yīng)對B公司的財務(wù)狀況進行充分了解，確保B公司無重大債務(wù)糾紛或財務(wù)問題。
明確責任和義務(wù)：在協(xié)議中應(yīng)明確A公司、B公司和甲方的責任和義務(wù)，以及款項的支付方式、時間和金額等細節(jié)。
確保發(fā)票和稅務(wù)問題得到妥善處理：由于B公司已經(jīng)開具了發(fā)票給甲方，A公司需要與B公司和甲方協(xié)商，確保發(fā)票和稅務(wù)問題得到妥善處理。
監(jiān)控項目進展和資金流動：A公司應(yīng)密切關(guān)注項目的進展和資金流動情況，確?？铐椖軌虬磿r收回。

最后，建議A公司在決定幫助B公司收款之前，與專業(yè)的律師和會計師進行充分溝通和咨詢，確保自身的權(quán)益得到充分保障。