根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第二十七條的規(guī)定，如果企業(yè)投資者在規(guī)定期限內(nèi)未繳足其應(yīng)繳資本額，那么該企業(yè)對外借款所發(fā)生的利息中，相當(dāng)于投資者實(shí)繳資本額與在規(guī)定期限內(nèi)應(yīng)繳資本額的差額部分應(yīng)計(jì)付的利息，不屬于企業(yè)合理的支出，因此應(yīng)由企業(yè)投資者負(fù)擔(dān)，不得在計(jì)算企業(yè)應(yīng)納稅所得額時扣除。
所以貴公司只能將5000-2000=3000萬元扣除，剩余的借款計(jì)算稅前扣除利息