根據(jù)您的描述，上海公司在南京成立分公司并獨立核算后，南京分公司負責南京片區(qū)賬務事項，并已開票給南京A公司。在這種情況下，如果南京分公司將收到的款項轉(zhuǎn)給上?？偣?，上?？偣究梢赃x擇開具發(fā)票給南京分公司。
關于是否需要開票的問題，這主要取決于上海總公司與南京分公司之間的財務處理方式和約定。如果上?？偣菊J為有必要開具發(fā)票以保持賬目清晰和規(guī)范，那么他們可以向南京分公司開具發(fā)票。但是，如果雙方協(xié)商一致并同意不開發(fā)票，則可以避免重復交稅的情況。
如果上海總公司選擇開具發(fā)票，具體的稅費取決于適用的稅費政策和交易性質(zhì)。在中國，一般納稅人適用的增值稅稅率為6%或13%，具體稅率取決于商品或服務的類型。如果上?？偣鹃_具的是服務類發(fā)票，通常稅率為6%，如果開具的是貨物類發(fā)票，則通常稅率為13%。