公司的個人所得稅匯算清繳需要由公司報還，個人所得稅匯算清繳是指企業(yè)按月統(tǒng)計，按月報送員工個人所得稅明細，并按月向國稅局匯繳個稅，從而實現(xiàn)匯繳清算。具體而言，企業(yè)應(yīng)按月將員工個人所得稅納稅明細表、企業(yè)代扣代繳個人所得稅匯總明細表、免繳憑證聯(lián)以及財務(wù)會計憑證三聯(lián)單報送至主管稅務(wù)機關(guān)，并按月向國稅局匯繳個稅，從而實現(xiàn)匯繳清算。 
 
拓展知識：企業(yè)可以為員工申請代扣代繳個人所得稅，即由工資單上按月提取員工應(yīng)繳納的個人所得稅，然后由企業(yè)代為匯繳，減少員工時間及精力報銷稅款。