計(jì)算應(yīng)納稅所得額的方法主要有以下方法： 
1、減除法：將應(yīng)納稅所得額減去允許減除的費(fèi)用、損失、稅前扣除項(xiàng)目等，最終確定應(yīng)納稅所得額。 
2、累進(jìn)法：將上一納稅年度未納稅的所得額累計(jì)到本納稅年度，最終確定應(yīng)納稅所得額。 
 
第二季度盈利了預(yù)交所得稅，第三季度虧損了，一年下來虧損了那預(yù)交的所得稅，可以根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》和《企業(yè)所得稅征收管理辦法》的規(guī)定，企業(yè)可以申請退稅。企業(yè)的營業(yè)收入減去可扣除的費(fèi)用，合計(jì)為應(yīng)納稅所得額，如果應(yīng)納稅所得額虧損，可以申請將預(yù)繳稅款退回企業(yè)賬戶。 
 
拓展知識：可減除的費(fèi)用有：購買原材料、能源、支付勞動者工資、報(bào)銷差旅費(fèi)、購買設(shè)備、支付稅費(fèi)等。