合伙企業(yè)和有限責任公司在稅費上面存在許多不同，首先從稅收類型上來說，合伙企業(yè)是一種無限責任的實體，而有限責任公司被當作一類機構，須繳納公司所得稅。其次，在實際繳稅程序上，合伙企業(yè)的合伙人需要繳納個人所得稅，而有限責任公司的責任限制于公司，須繳納公司所得稅；再次，稅費率也有所不同，一般情況下，合伙企業(yè)征稅比較大，有限責任公司的征稅比較低，具體比例取決于企業(yè)的收入和相關稅收政策等。 
 
例子：某公司有兩個股東，一個采用合伙企業(yè)的形式進行經營，一個采用有限責任公司的形式進行經營。合伙企業(yè)征稅程序比較復雜，從技術上講，必須繳納兩個股東的個人所得稅，而有限責任公司則僅須繳納公司所得稅，而不需要考慮個人所得稅，即稅費較少。