在開票系統(tǒng)中申請(qǐng)。 
紅字發(fā)票的申請(qǐng)流程分為四步：紅字信息表填開——上傳信息表至稅務(wù)局端系統(tǒng)——下載生成編號(hào)的信息表——銷售方開具負(fù)數(shù)發(fā)票。會(huì)計(jì)可以通過(guò)金稅盤或稅控盤兩種開票系統(tǒng)進(jìn)行申請(qǐng)操作。 
根據(jù)《增值稅發(fā)票開具指南》，具體流程為： 
1.購(gòu)買方取得增值稅專用發(fā)票已用于申報(bào)抵扣的，購(gòu)買方可在新系統(tǒng)中填開并上傳《開具紅字增值稅專用發(fā)票信息表》(以下簡(jiǎn)稱《信息表》)，在填開《信息表》時(shí)不填寫相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字增值稅專用發(fā)票信息，應(yīng)暫依《信息表》所列增值稅稅額從當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額中轉(zhuǎn)出，待取得銷售方開具的紅字增值稅專用發(fā)票后，與《信息表》一并作為記賬憑證。 
購(gòu)買方取得增值稅專用發(fā)票未用于申報(bào)抵扣、但發(fā)票聯(lián)或抵扣聯(lián)無(wú)法退回的，購(gòu)買方填開《信息表》時(shí)應(yīng)填寫相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字增值稅專用發(fā)票信息。 
銷售方開具增值稅專用發(fā)票尚未交付購(gòu)買方，以及購(gòu)買方未用于申報(bào)抵扣并將發(fā)票聯(lián)及抵扣聯(lián)退回的，銷售方可在新系統(tǒng)中填開并上傳《信息表》。銷售方填開《信息表》時(shí)應(yīng)填寫相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字增值稅專用發(fā)票信息。 
2.主管稅務(wù)機(jī)關(guān)通過(guò)網(wǎng)絡(luò)接收上傳的《信息表》，系統(tǒng)自動(dòng)校驗(yàn)通過(guò)后，生成帶有“紅字發(fā)票信息表編號(hào)”的《信息表》，并將信息同步至納稅人端系統(tǒng)中。 
3.銷售方憑稅務(wù)機(jī)關(guān)系統(tǒng)校驗(yàn)通過(guò)的《信息表》開具紅字增值稅專用發(fā)票，在新系統(tǒng)中以銷項(xiàng)負(fù)數(shù)開具。紅字增值稅專用發(fā)票應(yīng)與《信息表》一一對(duì)應(yīng)。 
4.納稅人也可憑《信息表》電子信息或紙質(zhì)資料到稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)《信息表》內(nèi)容進(jìn)行系統(tǒng)校驗(yàn)。