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一、這兩種系統(tǒng)的會計前提一樣，主要表現(xiàn)在：會計主體、持續(xù)經營活動、分段和會計貨幣。會計原則，這兩個都有真實性、完整性、及時性原則、相關性原則、可比性原則、重要性原則。會計要素雖然有差異，但其內容和方法大致一致的。

二、不同主要體現(xiàn)在：

1、會計核算基礎不同。企業(yè)單位會計實行的是權責發(fā)生制， 行政事業(yè)單位會計大多實行的是收付實現(xiàn)制。政府會計由預算會計和財務會計構成。預算會計實行收付實現(xiàn)制，國務院另有規(guī)定的，依照其規(guī)定。財務會計實行權責發(fā)生制。

2、會計要素不同。事業(yè)單位會計要素分為五大類：即資產、負債、凈資產、收入和支出。企業(yè)會計要素分為六大類；即資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。

3、會計等式不同。事業(yè)單位的會計等式是“資產+支出=負債+凈資產+收入”，此等式為動態(tài)等式，反映單位在業(yè)務營運過程中收支結余情況及凈資產的增值情況。

因為事業(yè)單位的資金來源主要是通過上級撥款取得的，所以要嚴格監(jiān)督各項支出的耗費，因此要采用動態(tài)等式，資產負債表也是以此等式為依據(jù)的。 

企業(yè)的會計等式為“資產=負債+所有者權益”，此等式為凈態(tài)等式，反映了會計要素之間的數(shù)量關系，反映了企業(yè)資產的歸屬關系，表明了企業(yè)和所有者是各自獨立存在的。同時，也是編制資產負債表的理論依據(jù)。 

4、企業(yè)會計有涉稅內容，一般的行政事業(yè)單位因為沒有經營業(yè)務，所以不涉及稅務，最多代收代繳一下個人所得稅。