由總機構(gòu)統(tǒng)一計算企業(yè)應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納所得稅額，并分別由總機構(gòu)、分支機構(gòu)按月或按季就地預(yù)繳。
（一）分支機構(gòu)分?jǐn)傤A(yù)繳稅款?？倷C構(gòu)在每月或每季終了之日起十日內(nèi)，按照上年度各省市分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素，將統(tǒng)一計算的企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納稅額的50%在各分支機構(gòu)之間進行分?jǐn)偅倷C構(gòu)所在省市同時設(shè)有分支機構(gòu)的，同樣按三個因素分?jǐn)偅鞣种C構(gòu)根據(jù)分?jǐn)偠惪罹偷剞k理繳庫，所繳納稅款收入由中央與分支機構(gòu)所在地按60：40分享。分?jǐn)倳r三個因素權(quán)重依次為0.35、0.35和0.3。當(dāng)年新設(shè)立的分支機構(gòu)第二年起參與分?jǐn)?；?dāng)年撤銷的分支機構(gòu)自辦理注銷稅務(wù)登記之日起不參與分?jǐn)偂?br/>本辦法所稱的分支機構(gòu)營業(yè)收入，是指分支機構(gòu)銷售商品、提供勞務(wù)、讓渡資產(chǎn)使用權(quán)等日常經(jīng)營活動實現(xiàn)的全部收入。其中，生產(chǎn)經(jīng)營企業(yè)分支機構(gòu)營業(yè)收入是指生產(chǎn)經(jīng)營企業(yè)分支機構(gòu)銷售商品、提供勞務(wù)、讓渡資產(chǎn)使用權(quán)等取得的全部收入；金融企業(yè)分支機構(gòu)營業(yè)收入是指金融企業(yè)分支機構(gòu)取得的利息、手續(xù)費、傭金等全部收入；保險企業(yè)分支機構(gòu)營業(yè)收入是指保險企業(yè)分支機構(gòu)取得的保費等全部收入。
本辦法所稱的分支機構(gòu)職工薪酬，是指分支機構(gòu)為獲得職工提供的服務(wù)而給予職工的各種形式的報酬。
本辦法所稱的分支機構(gòu)資產(chǎn)總額，是指分支機構(gòu)在12月31日擁有或者控制的資產(chǎn)合計額。
各分支機構(gòu)分?jǐn)傤A(yù)繳額按下列公式計算：
各分支機構(gòu)分?jǐn)傤A(yù)繳額=所有分支機構(gòu)應(yīng)分?jǐn)偟念A(yù)繳總額×該分支機構(gòu)分?jǐn)偙壤?br/>其中：
所有分支機構(gòu)應(yīng)分?jǐn)偟念A(yù)繳總額=統(tǒng)一計算的企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納所得稅額×50%
該分支機構(gòu)分?jǐn)偙壤?（該分支機構(gòu)營業(yè)收入/各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）×0.35+（該分支機構(gòu)職工薪酬/各分支機構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額/各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30
以上公式中，分支機構(gòu)僅指需要參與就地預(yù)繳的分支機構(gòu)。
（二）總機構(gòu)就地預(yù)繳稅款?？倷C構(gòu)應(yīng)將統(tǒng)一計算的企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納稅額的25%，就地辦理繳庫，所繳納稅款收入由中央與總機構(gòu)所在地按60：40分享。
（三）總機構(gòu)預(yù)繳中央國庫稅款?？倷C構(gòu)應(yīng)將統(tǒng)一計算的企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納稅額的剩余25%，就地全額繳入中央國庫，所繳納稅款收入60%為中央收入，40%由財政部按照2004年至2006年各省市三年實際分享企業(yè)所得稅占地方分享總額的比例定期向各省市分配。