來料加工與進(jìn)料加工有以下區(qū)別： 
1. 來料加工是對(duì)方來料，我方按其規(guī)定的花色品種、數(shù)量進(jìn)行加工，我方向?qū)Ψ绞杖〖s定的加工費(fèi)用；進(jìn)料加工是我自營(yíng)的業(yè)務(wù)，自行進(jìn)料，自定品種花色，自行加工，自負(fù)盈虧。 
2. 進(jìn)料加工，進(jìn)是一筆買賣，加工再出口又是一筆買賣，在進(jìn)出口的合同上沒有聯(lián)系；來料加工原料進(jìn)口和成品出口往往是一筆買賣，或是兩筆相關(guān)的買賣，原料的供應(yīng)往往是成品承受人 
3. 來料加工的雙方，一般是委托加工關(guān)系，部分來料加工，雖然包括我方的一部分原料，在不同程度上存在買賣關(guān)系，但一般我方為了保證產(chǎn)品的及時(shí)出口，都訂有對(duì)方承購(gòu)這些產(chǎn)品的協(xié)議，進(jìn)料加工再出口，從貿(mào)易對(duì)象來講，沒有必然的聯(lián)系，進(jìn)歸進(jìn)，出歸出，我和對(duì)方都是商品買賣關(guān)系，不是加工關(guān)系。
來料加工增值稅：1 來料加工出口貨物免征增值稅；2 加工企業(yè)取得的工繳費(fèi)收入免征增值稅。3出口貨物所耗用的國(guó)內(nèi)貨物所支付的進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣，轉(zhuǎn)入生產(chǎn)成本，其國(guó)內(nèi)配套的原材料的已征稅款也不予退稅。
進(jìn)料加工增值稅:進(jìn)料加工業(yè)務(wù)進(jìn)口料件一般是免征增值稅的，出口時(shí)免稅進(jìn)口料件這部分對(duì)應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額是不存在退還的，所以我們?cè)谟?jì)算免抵退稅時(shí)，要計(jì)算一個(gè)免抵退稅額不得免征和抵扣稅額的抵減額。
來料加工關(guān)稅：進(jìn)口時(shí)免征關(guān)稅，出口時(shí)對(duì)成品也不征收出口關(guān)稅。
進(jìn)料加工關(guān)稅：按加工后復(fù)出口的數(shù)量免征進(jìn)口關(guān)稅，出口時(shí)這部分材料免征出口關(guān)稅。
進(jìn)料加工：進(jìn)口時(shí)免稅，出口時(shí)與其他出口產(chǎn)品一起計(jì)算退稅時(shí)，就要計(jì)算“免抵退稅抵減額”，因?yàn)橥怃N收入中包含免稅進(jìn)口料件，如果按照外銷收入計(jì)算的免抵退稅就高于實(shí)際的免抵退稅額，所以要計(jì)算一個(gè)抵減額用于調(diào)整免抵退稅額；同時(shí)要計(jì)算“免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額”，因?yàn)椤懊獾滞硕惒坏妹庹骱偷挚鄱愵~”調(diào)整的是征稅率高于退率稅不得免抵退稅的部分，但外銷收入中含了進(jìn)料加工使用的免稅材料的價(jià)值，進(jìn)料加工進(jìn)口材料本來就是免稅的，不存在免抵退的問題，如不調(diào)減就多計(jì)了不得免抵退稅額。
來料加工：進(jìn)口時(shí)免稅，出口時(shí)也免稅，只要單獨(dú)核算，就不存在退稅計(jì)算的問題。但是如果耗用的境內(nèi)原材料的部分與內(nèi)銷或一般出口貿(mào)易、進(jìn)料加工貿(mào)易無(wú)法劃分的，原則上應(yīng)該按照銷售比例，計(jì)算不得抵扣稅額，調(diào)整當(dāng)期的進(jìn)項(xiàng)稅額。
對(duì)于來料加工和進(jìn)料加工可以這樣理解：來料加工視同銷售免稅貨物，所以耗用的境內(nèi)購(gòu)進(jìn)的材料負(fù)擔(dān)的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅是不能抵扣的。
進(jìn)料加工視同銷售自產(chǎn)貨物，出口適用零稅率，可以抵扣購(gòu)進(jìn)材料負(fù)擔(dān)的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅。